Come Akira Fudo si sveglia, si ritrova trasformato in una forma che pensa non si possa proprio adattar a quella d'un eroe quale lui è. Ma egli non è l'unico ad esser cambiato: insieme a Ryo e Miki si mette in viaggio per ripristinar le cose com'erano correttamente all'inizio, e per scoprir cos'abbia mai potuto causar un tal cambiamento. Durante la loro avventura, si troveranno di fronte diversi altri personaggi del mondo Gonagaiano...